Η διαδικασία επιλογής των υποψηφίων με απόφαση της  Συνέλευσης του Τμήματος γίνεται από αρμόδια Τριμελή Επιτροπή Επιλογής και Εξέτασης απαρτιζόμενη από μέλη ΔΕΠ που έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο.

Τα κριτήρια επιλογής και η σχετική βαρύτητα του καθενός είναι:

κ1. Ο γενικός βαθμός πτυχίου (20%).

κ2. Ο μέσος όρος των βαθμών τριών μαθημάτων που είναι τα πλέον συναφή προς το γνωστικό αντικείμενο της ειδίκευσης του Π.Μ.Σ. (10%). Για κάθε Τμήμα προέλευσης των υποψηφίων, η Σ.Ε. καταρτίζει κατάλογο των τριών πλέον συναφών μαθημάτων.

κ3. Προπτυχιακή διπλωματική εργασία (αν υπάρχει) βαθμολογείται με έως και 50 μόρια, εάν είναι ερευνητική/πειραματική, και έως 30 μόρια, αν είναι βιβλιογραφική. Τα μόρια αυτά διπλασιάζονται αν η διπλωματική εργασία είναι συναφής με το γνωστικό αντικείμενο της ειδίκευσης του Π.Μ.Σ. (20%).

κ4. Ο βαθμός  της  προφορικής συνέντευξης  στη Σ.Ε. και της αιτιολόγησης του ενδιαφέροντος του υποψηφίου για το συγκεκριμένο Π.Μ.Σ. Το κριτήριο αυτό βαθμολογείται σε κλίμακα 0-100 (35%).

κ5. Συναφής με την ειδίκευση ερευνητική ή και επαγγελματική  δραστηριότητα, δημοσιεύσεις σε επιστημονικά περιοδικά και ενδεχόμενες διακρίσεις του υποψηφίου (15%). Για τον υπολογισμό των μορίων αυτής της κατηγορίας αθροίζονται 5 μόρια ανά έτος συναφούς ερευνητικής ή επαγγελματικής δραστηριότητας, 3 μόρια για απλή συμμετοχή σε συνέδριο, 5 μόρια για συμμετοχή σε συνέδριο με παρουσίαση εργασίας, 20 μόρια για κάθε αποδεκτή διάκριση, 20 μόρια για κάθε δημοσίευση σε βιβλίο ή σε περιοδικό εκτός του συστήματος SCI, και 50 μόρια για κάθε δημοσίευση σε διεθνές περιοδικό του συστήματος SCI. Ο μέγιστος αριθμός μορίων για την κατηγορία αυτή είναι 100, έστω και αν το άθροισμα των μορίων των υποψηφίων τον υπερβαίνει.

Η ελάχιστη βαθμολογία που θα πρέπει να συγκεντρώσει ένας υποψήφιος για να γίνει δεκτός στο Π.Μ.Σ. είναι  55.

Μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας, καταρτίζεται ο τελικός πίνακας των επιτυχόντων. Ο τελικός πίνακας επιτυχόντων και τυχόν επιλαχόντων, αφού επικυρωθεί από τη Συνέλευση του Τμήματος, αναρτάται στον πίνακα ανακοινώσεων της Γραμματείας και στην ιστοσελίδα του Τμήματος.

Οι υποψήφιοι που έχουν επιλεγεί θα πρέπει να εγγραφούν στη Γραμματεία του Τμήματος εντός προθεσμίας που ανακοινώνεται από τη Σ.Ε. Σε περίπτωση μη εγγραφής εισακτέου εντός της προαναφερθείσας προθεσμίας, καλείται να εγγραφεί ο 1ος , 2ος , κ.λ.π. επιλαχών.

Κατά την εγγραφή του, ο μεταπτυχιακός φοιτητής καταβάλλει σε σχετικό λογαριασμό της Επιτροπής Ερευνών ΑΠΘ το 1/3 του συνολικού ποσού των τελών φοίτησης.

Τα κριτήρια αξιολόγησης και η μοριοδότησή τους δύναται να τροποποιηθούν με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.