Η Γραμματεία του ΠΜΣ Περιβαλλοντικός Αρχιτεκτονικός και Αστικός Σχεδιασμός λειτουργεί στο πλαίσιο της Γραμματείας του Τμήματος Αρχιτεκτόνων Μηχανικών του ΑΠΘ και επιλαμβάνεται των διαφόρων θεμάτων λειτουργίας του Προγράμματος. Στεγάζεται στο Κτίριο Εδρών της Πολυτεχνικής Σχολής του ΑΠΘ στον 8ο όροφο.