Στο ΠΜΣ προβλέπονται τέλη φοίτησης που ορίζονται στο ποσό έξι χιλιάδων ευρώ (6.000,00 €). Το ύψος των τελών φοίτησης και ο τρόπος καταβολής μπορούν να αναπροσαρμόζονται με πρόταση της Σ.Ε. του Π.Μ.Σ., απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος και έγκριση της Συγκλήτου. Η καταβολή των τελών φοίτησης γίνεται σε τραπεζικό Λογαριασμό του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων και Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του Α.Π.Θ. σε τρεις (3) δόσεις, δύο χιλιάδες ευρώ (2.000,00 €) κατά την εγγραφή, δύο χιλιάδες ευρώ (2.000,00 €) στην έναρξη του δευτέρου (Β’ ) εξαμήνου, και δύο χιλιάδες ευρώ (2.000,00 €) πριν την έναρξη της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας.

Δικαίωμα για τη χορήγηση δωρεάν φοίτησης λόγω οικονομικών ή κοινωνικών κριτηρίων έχουν όσοι ημεδαποί μεταπτυχιακές φοιτητές πληρούν το κριτήριο αριστείας κατά τον πρώτο κύκλο σπουδών, που αντιστοιχεί κατ΄ ελάχιστον στην κατοχή βαθμού ίσου ή ανώτερου του οκτώμισι με άριστα στα δέκα (8,5/10).

Δικαίωμα για τη χορήγηση δωρεάν φοίτησης λόγω οικονομικών ή κοινωνικών κριτηρίων έχουν όσοι ημεδαποί μεταπτυχιακές φοιτητές πληρούν το κριτήριο αριστείας κατά τον πρώτο κύκλο σπουδών, που αντιστοιχεί κατ΄ ελάχιστον στην κατοχή βαθμού ίσου ή ανώτερου του οκτώμισι με άριστα στα δέκα (8,5/10). Απαλλάσσονται από τα τέλη φοίτησης, οι ημεδαποί μεταπτυχιακοί/-ές φοιτητές/-τριες των οποίων το εισόδημα (ατομικό ή οικογενειακό) δεν υπερβαίνει το μεν ατομικό το εκατό τοις εκατό (100%), το δε οικογενειακό το εβδομήντα τοις εκατό (70%) του εθνικού διάμεσου ισοδύναμου εισοδήματος. Οι απαλλασσόμενοι/-ες φοιτητές/-τριες δεν θα πρέπει να ξεπερνούν το ποσοστό του τριάντα τοις εκατό (30%) του συνολικού αριθμού των φοιτητών/-τριών που εισάγονται στο Π.Μ.Σ. και αφορά τη συμμετοχή σε ένα μόνο Π.Μ.Σ. Αν οι δικαιούχοι υπερβαίνουν το ανωτέρω ποσοστό, επιλέγονται με σειρά κατάταξης ξεκινώντας από αυτούς/-ές που έχουν το μικρότερο εισόδημα.

Οι απαλλασσόμενοι φοιτητές δεν θα πρέπει να ξεπερνούν το ποσοστό του τριάντα τοις εκατό (30%) του συνολικού αριθμού των φοιτητών που εισάγονται στο Π.Μ.Σ. και αφορά τη συμμετοχή σε ένα μόνο Π.Μ.Σ. Αν οι δικαιούχοι υπερβαίνουν το ανωτέρω ποσοστό, επιλέγονται με σειρά κατάταξης ξεκινώντας από αυτούς που έχουν το μικρότερο εισόδημα.

Η αίτηση απαλλαγής τελών φοίτησης υποβάλλεται από τον ενδιαφερόμενο στο Τμήμα ύστερα από την ολοκλήρωση της διαδικασίας επιλογής των φοιτητών στο Π.Μ.Σ. Η δυνατότητα απαλλαγής από την υποχρέωση καταβολής τελών φοίτησης παρέχεται αποκλειστικά για τη φοίτηση σε ένα (1) Π.Μ.Σ. που οργανώνεται από Α.Ε.Ι. της ημεδαπής. Οι ενδιαφερόμενοι/ες, σε διάστημα 10 εργάσιμων ημερών από την ανακοίνωση των αποτελεσμάτων, υποβάλουν στη Γραμματεία του Μεταπτυχιακού την σχετική αίτηση απαλλαγής τελών φοίτησης μαζί με τα απαραίτητα δικαιολογητικά. Η Γραμματεία αφού  συγκεντρώσει τις αιτήσεις, τις κοινοποιεί στη Συντονιστική Επιτροπή του Μεταπτυχιακού Προγράμματος, η οποία ελέγχει τα κριτήρια απαλλαγής και αποφασίζει σχετικά.

Για τα άτομα που επιθυμούν να παρακολουθήσουν μεμονωμένα μαθήματα του Α’ εξαμήνου ή της πρακτικής άσκησης του Β’ εξαμήνου τότε καταβάλλονται δίδακτρα ανά μάθημα με βάση τον παρακάτω πίνακα.

Η παρακολούθηση μεμονωμένων μαθημάτων ή/και πρακτικής άσκησης οδηγεί σε λήψη βεβαίωσης επιτυχούς παρακολούθησης κατόπιν σχετικής εξέτασης, χωρίς να δίνεται αθροιστικά η δυνατότητα λήψης του Δ.Μ.Σ.

Επισημαίνεται, ότι μετά την καταβολή οποιουδήποτε χρηματικού ποσού μέσω του Ε.Λ.Κ.Ε., δεν προβλέπεται η επιστροφή χρημάτων. Η πλημμελής καταβολή των οικονομικών υποχρεώσεων συνιστά ικανό λόγο μη απονομής του Διπλώματος ή και διαγραφής από το Π.Μ.Σ.