Στο Π.Μ.Σ. προβλέπονται τέλη φοίτησης που ορίζονται στο ποσό των είκοσι ενός χιλιάδων ευρώ (21.000,00€) για κάθε κύκλο σπουδών για τους υπηκόους των χωρών της Ε.Ε. και στο ποσό των σαράντα δύο χιλιάδων ευρώ (42.000,00€) για τους υπηκόους χωρών εκτός Ε.Ε. Η καταβολή των τελών φοίτησης γίνεται σε καθορισμένες ημερομηνίες σε λογαριασμό που διατηρεί ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του Α.Π.Θ. Τα τέλη φοίτησης καθορίζονται ως εξής: για τους Έλληνες υπηκόους ή τους υπηκόους χωρών της Ε.Ε. στο ποσό των τριών χιλιάδων πεντακοσίων ευρώ (3.500,00€) για κάθε εξάμηνο, ενώ για τους υπηκόους χωρών εκτός Ε.Ε. το ως άνω ποσό διπλασιάζεται.
Τα τέλη φοίτησης καταβάλλονται σε έξι (6) ισόποσες δόσεις, ως εξής: για το χειμερινό εξάμηνο μέχρι την πρώτη εβδομάδα του Σεπτεμβρίου και για το εαρινό εξάμηνο μέχρι την πρώτη εβδομάδα του Φεβρουαρίου. Για τους πρωτοετείς μεταπτυχιακούς φοιτητές η πρώτη δόση εξοφλείται κατά την αποδοχή τους στο Π.Μ.Σ. Εφόσον η αντίστοιχη δόση του τέλους φοίτησης δεν καταβληθεί εγκαίρως, τότε ο μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται σε αποχώρηση από την κλινική/εργαστηριακή άσκηση του Π.Μ.Σ., άρα μπορεί να παρακολουθήσει μόνο τα θεωρητικά μαθήματα. Σε αιτιολογημένες περιπτώσεις δύναται να δίδεται παράταση με απόφαση της Σ.Ε. του Π.Μ.Σ.
Η διαχείριση των πόρων του Π.Μ.Σ. γίνεται από τον Ε.Λ.Κ.Ε. του Α.Π.Θ.