Το Εργαστήριο αποτελεί τη θεσμική συνέχεια ενός ερευνητικού προγράμματος Αριστείας, το οποίο διεξήχθη στη Νομική Σχολή κατά τα έτη 2012-2015 υπό την επιστημονική εποπτεία της καθηγήτριας Μ. Καϊάφα-Γκμπάντι (fcc.law.auth.gr). Το πρόγραμμα αυτό αφορούσε την αντιμετώπιση του Οικονομικού Εγκλήματος και της Διαφθοράς στο Δημόσιο Τομέα. Στο πλαίσιό του αξιολογήθηκε το ελληνικό θεσμικό πλαίσιο για την ποινική αντιμετώπιση των πιο πάνω φαινομένων, και προτάθηκε, μετά από εκτεταμένη εμπειρική και δικαιοσυγκριτική έρευνα, ένα συνεκτικό σχέδιο νομοθετικών ρυθμίσεων προς αντικατάστασή του. Μεταξύ των πολλών παραδοτέων του συγκεκριμένου ερευνητικού προγράμματος  υπήρξαν αφενός ένα τρίτομο έργο, που κυκλοφορεί από τις εκδόσεις Π.Ν. Σάκκουλα-Δίκαιο & Οικονομία, και αφετέρου ένα διεθνές συνέδριο στην Αθήνα, προς αξιολόγηση των προτάσεων της ερευνητικής ομάδας, που διοργανώθηκε από τη Νομική Σχολή του ΑΠΘ σε συνεργασία με τον ΔΣΑ και την Ένωση Ελλήνων Ποινικολόγων. Στο πλαίσιο αυτού του ερευνητικού προγράμματος διεξήχθησαν ακόμη  επιμορφωτικά σεμινάρια για αποφοίτους της Σχολής Δικαστικών Λειτουργών και για δικηγόρους, ενώ δημιουργήθηκαν και συνεχίζουν να είναι σε λειτουργία αφενός μια βάση δεδομένων με εκτεταμένο νομοθετικό, νομολογιακό, βιβλιογραφικό και εμπειρικό υλικό και αφετέρου ένα e-Παρατηρητήριο. Ενόψει των γόνιμων αποτελεσμάτων που επιτεύχθηκαν, η Σύγκλητος του ΑΠΘ αποφάσισε ότι η παραπάνω ερευνητική προσπάθεια θα έπρεπε να συνεχισθεί, λαμβάνοντας τα χαρακτηριστικά μιας σταθερής ερευνητικής δομής, και έτσι, ίδρυσε το ΕΜΔΔΟΕ στη Νομική Σχολή (ΦΕΚ Β΄ 5/8.1.2016).