Στο ΔΠΜΣ προβλέπονται τέλη φοίτησης που ορίζονται στο ποσό των δύο χιλιάδων επτακοσίων ευρώ (2700) για κάθε κύκλο σπουδών. Πραγματοποιείται από τον ίδιο τον φοιτητή (ή από τρίτο φυσικό ή νομικό πρόσωπο για λογαριασμό του φοιτητή) σε λογαριασμό του Ε.Λ.Κ.Ε.
Η δε καταβολή των τελών φοίτησης θα γίνεται σε τρεις ισόποσες δόσεις, η πρώτη κατά την εγγραφή, η δεύτερη πριν από την έναρξη του Β΄ εξαμήνου, και η Τρίτη πριν από την έναρξη του Γ΄ εξαμήνου, σε τραπεζικό λογαριασμό που τηρείται για το σκοπό αυτό στον Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας ΑΠΘ.
Δικαίωμα για τη χορήγηση δωρεάν φοίτησης λόγω οικονομικών ή κοινωνικών κριτηρίων έχουν όσοι μεταπτυχιακές φοιτητές πληρούν το κριτήριο αριστείας κατά τον πρώτο κύκλο σπουδών, που αντιστοιχεί κατ΄ ελάχιστον στην κατοχή βαθμού ίσου ή ανώτερου του επτάμιση με άριστα στα δέκα (7,5/10). Οι ειδικότεροι όροι και προϋποθέσεις του δικαιώματος της δωρεάν φοίτησης στα Π.Μ.Σ/ΔΠΜΣ . περιγράφονται στην ισχύουσα νομοθεσία καθώς στην απόφαση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων. Οι απαλλασσόμενοι φοιτητές δεν θα πρέπει να ξεπερνούν το ποσοστό του τριάντα τοις εκατό (30%) του συνολικού αριθμού των φοιτητών που εισάγονται στο ΔΠΜΣ και αφορά τη συμμετοχή σε ένα μόνο Π.Μ.Σ/ ΔΠΜΣ. Αν οι δικαιούχοι υπερβαίνουν το ανωτέρω ποσοστό, επιλέγονται με σειρά κατάταξης ξεκινώντας από αυτούς που έχουν το μικρότερο εισόδημα.
Η αίτηση απαλλαγής τελών φοίτησης υποβάλλεται από τον ενδιαφερόμενο στο Τμήμα ύστερα από την ολοκλήρωση της διαδικασίας επιλογής των φοιτητών στο ΔΠΜΣ. Η δυνατότητα απαλλαγής από την υποχρέωση καταβολής τελών φοίτησης παρέχεται αποκλειστικά για τη φοίτηση σε ένα (1) Π.Μ.Σ. που οργανώνεται από Α.Ε.Ι. της ημεδαπής. Στον Κανονισμό Μεταπτυχιακών Σπουδών καθορίζονται οι απαραίτητες διαδικασίες για την επιτυχή ολοκλήρωση για τη χορήγηση του δικαιώματος της δωρεάν φοίτησης.
Το Α.Π.Θ. δύναται να χορηγεί ανταποδοτικές υποτροφίες σε μεταπτυχιακούς φοιτητές με την υποχρέωση υποστήριξης της εκπαιδευτικής διαδικασίας και παροχής επικουρικού διδακτικού έργου. Το ΔΠΜΣ. καθορίζει το ανώτατο ποσό χορήγησης ανταποδοτικής υποτροφίας ανά φοιτητή, τον ανώτατο αριθμό των ωρών εβδομαδιαίας απασχόλησής τους και λοιπές λεπτομέρειες σχετικά με τη χορήγηση των υποτροφιών. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές ενημερώνονται κατόπιν σχετικής ανακοίνωσης από τη Γραμματεία του ΔΠΜΣ
